Alparslan Türkeş'in vefatından sonra 18 Mayıs 1997'de yapılan Olağanüstü Kongre'de sonuç alınamadığı için 6 Temmuz 1997'de ikinci Olağanüstü Kongre toplanmıştır. Bu Kongre'de Devlet Bahçeli, delegelerin büyük bir çoğunluğunun desteğini alarak Alparslan Türkeş'ten sonra MHP'nin ikinci Genel Başkanı olmuştur. Geçiş süreci, 13 Kasım 1997'de yapılan olağan kongre ile tamamlanmış; Devlet Bahçeli yeniden MHP'nin genel başkanı seçilmiştir.

MHP, 18 Nisan 1999 milletvekili seçimlerinde %18 oy alarak tarihinin en büyük başarısını elde etmiştir. Demokrasi tarihimizin en kritik seçimlerinden biri olan bu seçimlerde Türk milleti MHP'ye büyük bir teveccüh göstermiş ve MHP Türkiye'nin her bölgesinden, her köşesinden oy alıp milletvekili çıkaran en yaygın parti olmuştur.

Seçimlerden güçlü çıkan bir siyasî partinin iktidarın dışında düşünülmesinin her şeyden önce milletin tercihine saygısızlıkla aynı anlama geleceği kabul edilmiştir. MHP, bunun için iktidara gelmek konusunda tamamen milletin yolunu takip etmiş ve onun isteğini dikkate alarak DSP ve ANAP ile koalisyon kurarak zor şartlar altında iktidar sorumluluğunu paylaşmayı tercih etmiştir. MHP 12 Bakanlık alarak ikinci büyük koalisyon ortağı olmuş ve Türkiye'nin geleceğinin şekillendiği bir dönemde millî hassasiyetlerin iktidarda temsilini mümkün kılmıştır.

İktidara geldikten sonra 5 Kasım 2000 tarihinde 6. Olağan Büyük Kongresi yapılmış ve bu kongre hem organizasyonuyla, hem de mesajlarıyla Türk siyasî hayatında bir dönüm noktası olmuştur. Kongre'de belli başlı kritik sorunlar ele alınmış ve yeni ufuklara uzanmanın önemi ve gerekliliği vurgulanarak Türk milletinin geleceği adına "yeni yüzyılla sözleşme" yapılmıştır.

MHP'nin bu iddiası, ülkemizin ve dünyanın geldiği bugünkü noktanın çok yönlü bir muhasebesini yaparak, milletimizin ilgisini yeni çağın dinamiklerine ve insanlığın ortak geleceğine yöneltme düşünce ve çabasını yansıtmaktadır. Ayrıca bu görüşler doğrultusunda yenilenen parti programı ve parti tüzüğü oybirliğiyle kabul edilmiştir. Aynı Kongre'de Devlet Bahçeli delegelerin oylarının tamamını alarak Genel Başkan seçilmiştir.